Oltre alle sue 272 miglia di spiagge, Puerto Rico gode di numerose attrazioni naturali e scientifiche. Puerto Rico ospita riserve naturali, molte delle quali rientrano negli auspici del Conservation Trust di Puerto Rico, The Trust, istituito dai governi di Puerto Rico e degli Stati Uniti nel 1970, protegge e gestisce 20 aree naturali e storiche del Commonwealth.
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La maggior parte di coloro che visitano la regione orientale di Puerto Rico (e dato che San Juan è qui, molte persone lo fanno) visitano anche la foresta pluviale El Yunque di 28.000 acri, una riserva mondiale della biosfera dell'UNESCO e l'unica foresta pluviale del sistema forestale nazionale degli Stati Uniti. El Yunque significa "Foresta di nuvole" e prende il nome dallo spirito Taíno Yuquiyu . È noto per la sua biodiversità: ospita 240 specie di alberi, 23 dei quali non si trovano in nessun'altra parte del mondo. Qui, moltitudini di visitatori nuotano nelle cascate, fanno escursioni, fanno picnic e si accampano (con permesso). Il centro della foresta pluviale di El Portal offre mostre didattiche e un teatro.
A Fajardo, Las Cabezas de San Juan è una riserva naturale di 316 acri con mangrovie, lagune, scogliere e insenature. Situato sulla punta nord-orientale dell'isola, Las Cabezas offre ampie vedute sull'Oceano Atlantico e su El Faro, un faro coloniale spagnolo del XIX secolo recentemente restaurato dal Conservation Trust.
Sempre in questa regione, la foresta di Piññ dispone di una passerella che apre la strada ai visitatori per seguire mangrovie e pini.
Nella regione settentrionale di Puerto Rico, la Reserva Natural Laguna Tortuguero è una riserva lagunare abitata da diverse specie in via di estinzione e piante tropicali, di cui tour privati sono disponibili solo su appuntamento. I visitatori di questa regione troveranno anche la foresta Bosque Estatal de Cambalache di 375 acri e la foresta di Guajataca visitata raramente, nonché il Parque de las Cavernas del Río Camuy, una rete di grotte e doline situate in un parco nazionale di 268 acri e una dei sistemi fluviali sotterranei più lunghi del mondo. Il radiotelescopio Arecibo, il più grande telescopio del mondo, si trova ad Arecibo. I visitatori possono visitare il ponte di osservazione e saperne di più attraverso una mostra e un film in loco.
La regione occidentale di Puerto Rico è ampiamente conosciuta per il suo surf e le sue spiagge (in particolare Boquerón e Rincón ), ma presenta anche la Foresta di Stato di Guanica, un bosco arido che è stato designato Riserva mondiale della biosfera dall'UNESCO, con sentieri escursionistici, nuoto, altro di 700 tipi di piante e 135 varietà di uccelli.
A Utuado, nella regione centrale, la foresta di Rio Abajo di 7.000 acri offre ampie possibilità di escursioni e arrampicate in montagna e comprende la vetta più alta della catena montuosa centrale della Cordillera. Vicino a Barranquitas, i visitatori troveranno l'unica spaccatura vulcanica di Puerto Rico, insieme ai suoi due fiumi che scorrono a una profondità di quasi 650 piedi, nel Canyon di San Cristobal .
Nel villaggio meridionale di La Parguera, i visitatori sono attratti dalla Bahia Fosforescente, una delle baie bioluminescenti di Puerto Rico. L'acqua in queste baie emette una luce blu-verde creata dal plancton monocellulare non tossico. Si ritiene che la luce sia un sistema di difesa naturale che consente al plancton di distrarre gli aspiranti predatori illuminando prede più appetitose. I visitatori qui spesso vanno in kayak o nuotano nell'acqua e ammirano le scie luminose che i loro movimenti lasciano dietro. Questa regione ospita anche molti dei migliori siti di immersione di Puerto Rico, tra cui il Muro Nero, chiamato per il raro corallo nero e Hai Lite, che è ricco di ebreo, trombetta e spugne giganti a tubo. Appena a nord di Ponce, la riserva forestale Toro Negro di 7.000 acri presenta un picco di 3.650 piedi (Pico Doña Juana), sorgenti termali naturali e le cascate Doña Juana di 200 piedi.
Le isole minori di Puerto Rico contengono anche ampie riserve naturali. A Culebra, il Culebra Natural Wildlife Refuge, noto anche come Ultima Virgen, o Ultima Vergine, comprende tre isole al largo e tratti di terra sulla stessa isola di Culebra. I 1480 acri ospitano più di 120 colonie marine nidificanti. Culebra ospita anche la spiaggia di Flamenco, famosa per le sue morbide sabbie bianche. Le isole minori di Puerto Rico, Mona e Monita, sono spesso indicate come le Galapagos dei Caraibi. Non contaminate da abitanti o strutture ricettive, queste isole sono buone opzioni per escursioni e immersioni e ospitano diverse specie di vita marina in via di estinzione. Infine, l'isola di Vieques presenta un'altra, e forse più famosa, baia bioluminescente, Mosquito Bay, dove i visitatori che nuotano o vanno in kayak nell'acqua si meravigliano del suo bagliore soprannaturale.
