L'Indonesia è la culla trascurata della paleoantropologia professionale. In Europa a metà del XIX secolo, gli scienziati hanno scoperto per la prima volta una specie di ominide estinta: i Neanderthal. In realtà, è più preciso dire che i fossili di Neanderthal sono stati trovati da laici che li hanno portati all'attenzione di noti anatomisti. Fu solo nel 1890 che un ricercatore entrò nel campo in cerca di ossa ominide. Eugene Dubois, un medico olandese, viaggiò in Indonesia, poi una colonia olandese, alla ricerca di antenati umani. Nel 1891, ha scoperto i fossili di Homo erectus e ha reso la caccia agli ominidi una vera impresa, e ha reso l'Asia una destinazione per paleoantropologi.
Trinil: le scoperte di Dubois sono avvenute vicino al villaggio di Trinil, nel centro di Giava. La sua prima scoperta è stata una calotta cranica, che oggi risale a 700.000 a 1 milione di anni fa. Il cranio sembrava umano, ma aveva ossa spesse, pesanti sopracciglia e una fronte bassa e inclinata. Un anno dopo, nel 1892, Dubois recuperò un osso della coscia quasi completo che sembrava quasi moderno. Decise che le ossa appartenevano a una specie estinta che era un "anello mancante" tra scimmie e umani. Chiamò la specie Pithecanthropus erectus ("uomo eretto scimmia"). A volte chiamato Java Man, la specie oggi si chiama Homo erectus .
Ngandong: ricercatori olandesi hanno scoperto altri fossili di H. erectus, che rappresentano 15 persone, a Java negli anni '30 vicino al villaggio di Ngandong sul fiume Solo di Java. Fino a poco tempo fa, i paleoantropologi pensavano che le ossa di Ngandong rappresentassero una popolazione di H. erectus molto recente. Pensato per essere forse tra i 30.000 e i 50.000 anni fa, questi ominidi avrebbero potuto essere contemporanei dei Neanderthal e degli umani moderni che vivono in Europa e in Asia occidentale. Ma analisi di datazione e ricerche sul campo più recenti suggeriscono che gli ominidi Ngandong vivevano molto prima, tra 143.000 e 546.000 anni fa.
Mojokerto: Nel 1936, un assistente che lavorava con l'Indagine geologica olandese ha scoperto una calotta cranica parziale di un bambino di due o tre anni nella parte orientale di Giava. Il membro del team Ralph von Koenigswald, un paleontologo tedesco, ha riconosciuto il cranio come appartenente a un primo ominide, H. erectus . Sebbene la posizione esatta, e quindi l'età, del fossile sia stata messa in dubbio negli ultimi anni, gli scienziati in genere pensano che il cranio del Mojokerto risalga a circa 1, 8 milioni di anni fa. Questo lo rende una delle ossa ominide più antiche mai trovate fuori dall'Africa.
Sangiran: tra il 1937 e il 1941, von Koenigswald trovò ulteriori fossili di H. erectus nel sito di Sangiran nel centro di Giava. I reperti includevano tre teschi parziali, mascelle parziali e dozzine di denti isolati. Questi fossili, risalenti a oltre un milione di anni fa, hanno contribuito a confermare la validità dello stato delle specie di H. erectus . Oggi i turisti possono visitare il sito fossile, che ospita scavi in corso e un museo.
Flores: la più recente scoperta di ominidi in Indonesia è stata una grande sorpresa. Nel 2004, un gruppo di ricercatori indonesiani e australiani ha annunciato di aver trovato un'insolita collezione di fossili sull'isola indonesiana di Flores. Le ossa appartenevano a un ominide dal cervello piccolo che era alto meno di un metro e mezzo e pesava meno di 70 libbre, ma alcuni dei fossili avevano solo 17000 anni. I ricercatori hanno deciso che lo "Hobbit" apparteneva a una nuova specie, l' Homo floresiensis . Una volta che l'antenato della specie, forse H. erectus, è arrivato sull'isola, l'ominide si è evoluto per essere più piccolo come adattamento a vivere su una piccola isola. I critici, tuttavia, affermano che lo Hobbit è in realtà un essere umano moderno con una sorta di disturbo della crescita.
